Bereits 1000 n.u.Z. gab es in Japan viele manuelle Heilmethoden. Durch den chinesischen Einfluss, in Form von Tunia, der Akupunktur und der traditionellen chinesischen Medizin, veränderten sich die manuellen Methoden in Japan.

Der Name Shiatsu wurde erstmals in „Shiatsu Ryoho“, einem wichtigen Standardwerk von Tenpeki Tamai erwähnt. Er grenzte mit dieser Namensgebung seine „Manual-Methode“ von der traditionellen japanischen Massage Anma ab. Es war ihm wichtig den therapeutischen Charakter seines Shiatsus hervorzuheben.

Durch den Einfluss von Tokujiro Namikoshi (1905-2000), erster Gründer einer Shiatsu-Schule in Japan, der Namikoshischule, wurde Shiatsu in Japan als eigenständige Behandlungsmethode staatlich anerkannt.

Eine wichtige Rolle in der Entwicklung von Shiatsu spielte Shizuto Masunaga. Sowohl sein Vater, wie auch seine Mutter praktizierten Shiatsu. Er half bereits in jungen Jahren in der elterlichen Praxis mit. Er kam mit 14 Jahren in Kontakt mit Tenpeki Tamai und war einer der begabtesten Schüler von Namikoshi.

Aufbauend auf seiner klinischen Erfahrung und dem Studium alter Texte, entwickelte er eine eigenständige Form von Diagnose und erweiterte den Verlauf der 12 klassischen Meridiane, auf den gesamten Körper. Er studierte in Kyoto Psychologie und liess sein Wissen in seine Arbeit einfließen. Sein Stil nannte er Zen Shiatsu, welcher primär im Westen bekannt wurde.

Akinobu-Kishi war der erste Schüler Masunagas. Er entwickelte das Shinto-Shiatsu, woraus seine eigene Behandlungsmethode Seiki wurde. Weitere Schüler Masunagas waren Wataru Ohashi, Pauline Sasaki sowie Tomas Nelissen.

Es gibt zahlreiche weitere hervorragende Lehrer des Shiatsu, welche die Methode bis heute weiterentwickeln und neue Formen geben. Saul Goodman, Wilfried Rappenecker, Gabriela Poli, Peter Ittin, Bill Palmer und viele mehr.